Desa Penjalin Kecamatan Brangsong Kabupeten Kendal memang tidak dikenal seperti sejarah besar lainnya yang ada di Kabupaten Kendal. Padahal konon menurut cerita para sesepuh sejarah Desa Penjalin berkaitan erat dengan sejarah Babat Kaliwungu dan Kendal sendiri. Desa Penjalin yang terletak disebelah tenggara Kota Kendal yang berada di sekitar aliran sungai aji sudah ada sebelum kemerdekaan Republik Indonesia. Dari sumber yang dapat dipercaya bahwa Desa Penjalin dahulu terdiri dari dua dusun yaitu Ngabehan dan Malanggaten.

 Desa Penjalin itu sendiri berasal dari nama seorang tokoh sakti/seorang Empu bernama Kyai Tekuk Penjalin yang wafatnya berkaitan dengan sejarah Babat Kaliwungu dan Kendal. Bahkan konon ceritanya bahwa Kyai Gembyang yang makamnya di Kendal adalah Putra/Murid dari Kyai Tekuk Penjalin sendiri. Sedangkan makam/petilasan Kyai Tekuk Penjalin berada di Dusun Karangsari RT 002 RW 002 Desa Penjalin, maka sejak saat itu disebut dengan nama Desa Penjalin yang diperingati Haulnya setiap Tanggal 12 Dzulhijjah.

 Sejak saat itu daerah Desa Penjalin dihuni banyak orang dan sebagai daerah pemukiman. Untuk mengurut masyarakat di daerah Desa Penjalin dikenal seorang pimpinan yang dapat memimpin di segala bidang untuk masyarakat, yaitu yang dikenal dengan nama Kyai Ngabahi, yang makamnya berada di Dusun Ngabehan RT 001 RW 001  Desa Penjalin yang diperingati Haulnya setiap Tanggal 15 Maulud. Dan didaerah wilayah selatan Desa Penjalin ada seorang tokoh yang dikenal dengan nama Kyai Malanggati yang makamnya berada di Dusun Malanggaten RT 003 RW 003 Desa Penjalin yang diperingati Haulnya setiap Tanggal 9 Safar.

 Selanjutnya Desa Penjalin dipimpin oleh seorang tokoh sakti bernama LURAH KEDAH yang selalu mengayomi dan memperhatikan kesejahteraan warganya. Sehingga pada suatu hari dizaman itu ada tokok hitam atau berandalan sakti yang mengacau Wilayah Kendal, tidak ada yang mampu mengatasinya. Sampai suatu hari Bupati Kendal mengadakan sayembara barang siapa yang mampu menangkapnya hidup ataupun mati akan diberi Hadiah. Demi kesejahteraan warganya Lurah Kedah ikut sayembara dan berhasil mengatasi tokoh hitam atau berandalan sakti tersebut. Sesuai dengan janji Bupati Kendal pada saat itu Lurah Kedah mendapatkan hadiah berupa Sawah yang luasnya kurang lebih 70Ha. Bagian tengah yang membentang dari dari Desa Blorok sampai Desa Brangsong sebelah barat berbatasan dengan sawah Desa Blorok Kecamatan Brangsong dan sebelah Timur berbatasan Desa Sukamulyo Kecamatan Kaliwungu dulunya sekarang Kecamatan Kaliwungu Selatan yang diberikan kepada semua warganya untuk mengeloh sawah tersebut. Sehingga menjadi Desa Penjalin yang "GEMAH RIPAH LOH JINAWI"

 Kemudian tahun berganti tahun dari cerita sesepuh Desa Penjalin dari yang kami ketahui dipimpin oleh Kyai Polosoro Wonosobo, dilanjut Lurah Sireng, diteruskan Oleh Lurah Punuk dan Lurah dari kalangan seorang Ulama Kyai Tarno. Dari penelusuran kami yang diketahui silsilahnya mulai dari Lurah Kyai TARNO yang beralamat di dusun Karangsari RT 003 RW 002 yang kemudian mempunyai Putra Seorang Ulama Kyai H. Ridwan yang membangun sebuah Pesantren yang diberi nama Pondok Pesantren Sabilunnajah pada tahun 1930 dan Masjid sebagai pusat penyebaran agama Islam dan sebagai pusat kegiatan sosial yang sekarang diberi nama MASJID BAITUL ATQIYA'.

 Semenjak Indonesia Merdeka Tahun 1945-1967 Desa Penjalin dipimpin oleh Lurah MUGHNI yang pusat pemerintahan dirumahnya di Dusun Karangsari RT 003 RW 002, Selanjutnya dipimpin oleh Lurah M ASROR pada Tahun 1971-1988. Pada era Kepemimpinan Lurah ASROR Desa Penjalin dibagi menjadi tiga Dusun yaitu wilayah Utara Dusun Ngabehan ada 3 RT, wilayah tengah  DusunKarangsari ada 3 RT dan wilayah selatan Dusun Malanggaten ada 4 RT. Pada eranya juga dibangunlah Balai Desa sebagai pusat pemerintahan didesa yang dibangun di Dusun Karangsari RT 001 RW 002, selanjutnya pada tahun 1989-1991 dipimpin oleh kalangan tokoh yaitu Keras MUSTAIN, selanjutnya pada tahun 1992-2000 dipimpin dari kalang tokoh juga yang bernama Kades HM A SUDJA'I,  selanjutnya pada waktu itu ada perubahan peraturan di pemerintahan kabupaten bawasanya dalam kekosongan jabatan kades di isi dari kalangan PNS dengan itu pada tahun 2001-2001 dipimpin oleh Pj. Kades Munadi Zaenudin selanjutnya pada tahun 2002 di adakan pilihan kades dan di menangkan oleh kades terpilih M. ARIFIN, pada waktu itu M. ARIFIN menjabat selama 2 preode dimulai Tahun 2002-2014, selanjutnya tongkat pemerintahan di pegang oleh kades dari kalangan PNS yang pada itu Tjarik NURPATONI dengan menyadang jabatan Pj. Kades selama tahun 2015-2016 selanjutnya tongkat pemerintahan saat ini diteruskan oleh dari kalang orang pemerintah juga pada waktu itu telah berstatus perangkat Desa dengan keinginannya di bertarungkan di pemilihan kepala desa serentak pertama kalinya di kabupaten Kendal pada tahun 2017 dan berhasil memang meneruskan tongkat pemerintahan dari Pak NURPATONI ke Kades SUWONDO dengan masa preode tahun 2017-2022 nantinya. Itulah sejarah singkat Desa Penjalin Kecamatan Brangsong Kabupeten Kendal.